Om overlap in werkzaamheden te voorkomen stelden het Commissariaat en CIPO in 2008 een samenwerkingsovereenkomst op, die in 2009 in werking trad. De overeenkomst ligt in lijn met een advies van de Algemene Rekenkamer (AR).
In 2008 concludeerde de AR in een onderzoek naar de landelijke publieke omroep dat er overlap bestond in de toezichtsactiviteiten van het Commissariaat, CIPO en de NPO. Zij adviseerde de partijen werkafspraken te maken om overlap en lacunes in toezichtsactiviteiten te voorkomen.
In 2010 deed de AR opnieuw onderzoek, dit keer naar de effecten van haar aanbevelingen uit 2008. Het terugblikonderzoek wees uit dat er nog steeds voor een deel overlap bestaat tussen de toezichtsactiviteiten van de drie partijen. Wel stelt de AR dat CIPO de aanbevelingen goed heeft opgevolgd. Het samenwerkingsprotocol dat CIPO en het Commissariaat op eigen initiatief opstelden is hiervan een voorbeeld.